Jsou identifikovány dva hlavní mechanismy14-17 změn chřipkových virů, které umožňují rekombinaci antigenů podle různých H a N proteinů: Antigenní drift a antigenní shift. Ty zahrnují změny v genetickém složení chřipkového viru, které umožňují opětovnou infekci chřipkou.
Antigenní drift
K tomuto mechanismu dochází v rámci replikace viru, kdy vznikají malé změny ve viru, které vedou ke vzniku viru s podobnými antigenními kombinacemi. Kumulace změn v důsledku antigenního driftu může vést ke vzniku virů s různými antigenními kombinacemi.
Antigenní shift
Tento mechanismus předpokládá náhlou změnu kombinace antigenů chřipkových virů, například v důsledku zoonózy. Tato náhlá změna představuje velkou hrozbu pro vypuknutí pandemie chřipky, protože imunologická odpověď populace může být zcela nepřipravená na novou antigenní kombinaci chřipkového viru.